El Hospital Regional de Copiapó inició su existencia antes de la Guerra del Pacífico. Ya en el año 1879 recibió heridos de este conflicto bélico. Pero es en 1894 cuando es fundado oficialmente. A fines del siglo XIX su principal acceso se ubicaba hacia calle O´Higgins y en el año 1922 se construye nuevamente este recinto hacia la calle Los carrera, quedando la zona antigua como asilo de ancianos.
Esta construcción se mantuvo hasta el gobierno de Eduardo Frei Montalva. Durante su período presidencial, específicamente el 28 de julio de 1968, se formalizó la puesta en marcha de la construcción del Hospital, obra que se realizó gracias a la Ley que grava la exportación de hierro a través de los puertos de Atacama y Coquimbo, y cuyo autor de la normativa fue el Senador Alejandro Noemi Huerta. 
La primera parte del Hospital se entrega en el año 1971, mientras que la segunda, correspondiente a la torre de hospitalización, se hace en el año 1974, teniendo su entrada principal nuevamente hacia calle O´Higgins. Los recortes presupuestarios de los años posteriores dejaron inconclusa la tercera etapa que comprendía la complementación de la torre de hospitalización.  
Con la llegada de la democracia y los Gobiernos de la Concertación, se comienza a normalizar el principal recinto asistencial de la Región de Atacama. Actualmente se encuentra en proceso la Segunda Etapa de Normalización del Hospital Regional San José del Carmen, inserta en el Convenio de Programación firmado el año 2007 entre el Ministerio de Salud y el Gobierno Regional de Atacama.